211service.com
Et kreftatlas for å forutsi hvordan pasientene vil klare seg
Å forstå de genetiske endringene i svulster som skiller de mest dødelige kreftformene fra mer godartede kan hjelpe leger å behandle pasienter bedre.
I dag lanserer svenske forskere en ny katalog med åpen tilgang som kartlegger mange av disse genetiske endringene. Dette atlaset knytter tusenvis av spesifikke gener involvert i mange kreftformer til pasientens overlevelse og avslører også potensielle nye medikamentmål.
Det nye atlaset er en av flere pågående anstrengelser for å forstå data som er samlet inn av offentlige databaser – som National Cancer Institutes Cancer Genome Atlas – som fungerer som depoter for tumorprøver. Målet er å samle inn praktisk informasjon, som sykdomsmarkører, som kan brukes til å utvikle kreftmedisiner og diagnostikk.
For å generere atlaset brukte forskere ledet av Mathias Uhlén, professor i mikrobiologi ved Kungliga Tekniska Högskolan i Sverige, en superdatamaskin til å analysere 17 hovedtyper av kreft hos mennesker fra nesten 8000 svulstprøver. Uhlén sier at teamet hans lette etter holistiske endringer på tvers av genomet forårsaket av disse mutasjonene.
De kartla deretter alle genene som ble funnet i disse kreftcellene for å finne ut hvordan proteiner laget av disse genene påvirker pasientens overlevelse. Gener har instruksjoner for å lage proteiner, og nivået av genuttrykk øker eller reduserer mengden protein som gener lager. Disse resulterende proteinene kan dramatisk påvirke biologiske prosesser som kreft.
Forskerne observerte at nivåene av proteiner i forskjellige kreftformer varierte mye, noe som forsterker behovet for personlig kreftbehandling basert på de unike egenskapene til en pasients svulst, sier de.
Forskerne fant at mer enn 2000 gener hadde varierende effekter på en pasients overlevelse avhengig av krefttype og hvor svulsten var lokalisert i kroppen. I noen tilfeller var gener som var mer uttrykt assosiert med bedre pasientresultater, og andre spådde dårligere utsikter for pasienter. Resultatene er detaljerte i dag i dagboken Vitenskap .
Uhlén og teamet hans identifiserte et annet sett med mer enn 2000 gener som potensielt kan drepe tumorvekst, men sier at å påvirke de fleste av disse målene med medisiner sannsynligvis vil ha alvorlige bivirkninger for pasientene. Av disse forutsier de at 32 gener funnet i mer enn 80 prosent av svulstene, uavhengig av krefttype, representerer legemiddelmål.
Tidligere har forskere fokusert på å bruke DNA-sekvensering for å identifisere genetiske mutasjoner involvert i kreft. For å lage dette nye atlaset brukte forskerne RNA-sekvensering for å forstå hvordan gener endres når de påvirkes av kreft.
John Leite, visepresident for onkologi ved gensekvenseringsselskapet Illumina, sier at mye biologisk informasjon vil være nødvendig for å forstå de underliggende mekanismene som driver kreftdannelse og til slutt lar forskere og leger forutsi de beste terapialternativene for pasienter. Det er der dette nye atlaset kan hjelpe.
Nicolas Robine, assisterende direktør for beregningsbiologi ved New York Genome Center, sier atlaset vil være en nyttig ressurs for forskere, men sa at det ikke kan gi et definitivt, automatisert svar til leger som lurer på hvordan en pasients kreft vil utvikle seg. Det er ikke slik at du kobler til uttrykksprofilen din, og den forteller deg om du har et bedre eller dårligere resultat.
Atlaset er en del av et svensk program startet i 2003 med mål om å kartlegge alle menneskelige proteiner laget av kroppens rundt 20 000 eller flere gener.